มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตศรีราชา ได้รับอนุมัติจากสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ให้จัดการเรียนการสอนระดับปริญญาโท เป็นครั้งแรกเมื่อเดือนเมษายน พ.ศ.2546 โดยเปิดสอน 2 หลักสูตร ได้แก่ หลักสูตรเศรษฐศาสตรมหาบัณฑิต สาขาเศรษฐศาสตร์ธุรกิจ และหลักสูตรศิลปศาสตรมหาบัณฑิต สาขาธุรกิจการเกษตร (ต่อมาเปลี่ยนเป็นวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต) เพื่อพัฒนาทรัพยากรมนุษย์ให้เป็นกำลังสำคัญในการพัฒนาสังคมและประเทศชาติในส่วนภูมิภาค โดยเฉพาะพื้นที่ชายฝั่งทะเลตะวันออก ซึ่งเป็นพื้นที่ยุทธศาสตร์และฐานเศรษฐกิจที่สำคัญของประเทศ รับนิสิตเข้าศึกษาเป็นรุ่นแรกในภาคต้น ปีการศึกษา 2546

ต่อมา สภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ได้อนุมัติให้จัดตั้งบัณฑิตศึกษาสถาน (College of Graduate Studies) ขึ้น เมื่อวันที่ 15 กันยายน พ.ศ.2547 เป็นหน่วยงานหนึ่งของวิทยาเขตศรีราชา มีสถานภาพเทียบเท่าคณะ เพื่อรองรับการจัดการเรียนการสอนระดับบัณฑิตศึกษา ทั้งในสาขาวิชาที่ได้ดำเนินการเปิดสอนไปแล้ว และสาขาวิชาอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้อง บัณฑิตศึกษาสถานได้รับอนุมัติจากสภามหาวิทยาลัยฯ ให้เปลี่ยนชื่อเป็นวิทยาลัยบัณฑิตศึกษา ศรีราชา เมื่อวันที่ 24 กันยายน พ.ศ.2550

ในปี พ.ศ.2554 สภามหาวิทยาลัยฯ ได้อนุมัติให้วิทยาลัยบัณฑิตศึกษา ศรีราชา ปรับเปลี่ยนโครงสร้างองค์กรใหม่ ให้สอดคล้องกับภารกิจที่รับผิดชอบ พร้อมทั้งเปลี่ยนชื่อหน่วยงานเป็นคณะเศรษฐศาสตร์ ศรีราชา เมื่อวันที่ 3 กุมภาพันธ์ พ.ศ.2554 และรับนิสิตปริญญาตรี เข้าศึกษา สาขาเศรษฐศาสตร์ เป็นรุ่นแรก

ในภาคต้น ปีการศึกษา 2554 มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตศรีราชา ได้รับอนุมัติจากสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ให้จัดการเรียนการสอนระดับปริญญาโท เป็นครั้งแรกเมื่อเดือนเมษายน พ.ศ.2546 โดยเปิดสอน 2 หลักสูตร ได้แก่ หลักสูตรเศรษฐศาสตรมหาบัณฑิต สาขาเศรษฐศาสตร์ธุรกิจ และหลักสูตรศิลปศาสตรมหาบัณฑิต สาขาธุรกิจการเกษตร (ต่อมาเปลี่ยนเป็นวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต) เพื่อพัฒนาทรัพยากรมนุษย์ให้เป็นกำลังสำคัญในการพัฒนาสังคมและประเทศชาติในส่วนภูมิภาค โดยเฉพาะพื้นที่ชายฝั่งทะเลตะวันออก ซึ่งเป็นพื้นที่ยุทธศาสตร์และฐานเศรษฐกิจที่สำคัญของประเทศ รับนิสิตเข้าศึกษาเป็นรุ่นแรกในภาคต้น ปีการศึกษา 2546

ต่อมา สภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ได้อนุมัติให้จัดตั้งบัณฑิตศึกษาสถาน (College of Graduate Studies) ขึ้น เมื่อวันที่ 15 กันยายน พ.ศ.2547 เป็นหน่วยงานหนึ่งของวิทยาเขตศรีราชา มีสถานภาพเทียบเท่าคณะ เพื่อรองรับการจัดการเรียนการสอนระดับบัณฑิตศึกษา ทั้งในสาขาวิชาที่ได้ดำเนินการเปิดสอนไปแล้ว และสาขาวิชาอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้อง บัณฑิตศึกษาสถานได้รับอนุมัติจากสภามหาวิทยาลัยฯ ให้เปลี่ยนชื่อเป็นวิทยาลัยบัณฑิตศึกษา ศรีราชา เมื่อวันที่ 24 กันยายน พ.ศ.2550

ในปี พ.ศ.2554 สภามหาวิทยาลัยฯ ได้อนุมัติให้วิทยาลัยบัณฑิตศึกษา ศรีราชา ปรับเปลี่ยนโครงสร้างองค์กรใหม่ ให้สอดคล้องกับภารกิจที่รับผิดชอบ พร้อมทั้งเปลี่ยนชื่อหน่วยงานเป็นคณะเศรษฐศาสตร์ ศรีราชา เมื่อวันที่ 3 กุมภาพันธ์ พ.ศ.2554 และรับนิสิตปริญญาตรี เข้าศึกษา สาขาเศรษฐศาสตร์ เป็นรุ่นแรก ในภาคต้น ปีการศึกษา 2554